中国科学院微生物研究所质谱与功能组学中心（以下简称中心）起源于2004年，经过10余年的发展，已经由最初的蛋白质组学实验室逐步向功能组学中心转变。目前主要进行蛋白质组、修饰组、代谢组、脂质组及相关的功能组研究。中心现有液质联用高分辨质谱仪、MALDI-TOF质谱仪、QQQ质谱仪、毛细管电泳仪及配套仪器，总价值2000多万元。
       中心是以科研需求及科研成果转化为导向、以有利于提高中心的科研水平及科研成果转化水平为宗旨、建设标准化、前沿化及模式化的专业技术团队，为科研院所和社会企业提供技术共享和服务。

目前，质谱与功能组学中心的研究方向及技术服务如下：
1. 课题支撑：中心通过主持及参与课题的方式，或者与兄弟院所的课题合作，现对研究所重大课题（973、863、国家自然科学基金及其他课题）的支撑；
2. 技术培训：中心定期开展蛋白质组学相关的授课及讲座，并进行课题指导及实验技术培训工作。同时，中心将每年举办一期全国性的生物质谱与生物医学前沿技术研讨会；
3. 人才培养：通过课题合作等方式，让研究生在本中心完成蛋白组学及代谢组学相关的课题研究，为其在相关领域工作打好基础；
4. 技术服务：中心积极为科研院所、国内高校及企事业单位提供技术咨询及样品检测服务；
5. 技术开发：中心通过主持技术课题以及和企业合作，积极参与产品技术及工艺研发，促进研究所的科研成果转化及产业化。

经过十多年的发展，中心已经建立起较为完善的蛋白质组学技术体系，代谢组学技术体系也在建立和完善中。同时，在合成生物学及生物医学等领域的产品工艺研发、质量控制等方法也在逐步建立中，具体如下：
1. 蛋白基本鉴定及蛋白复合物鉴定：如未知序列蛋白从头测序。
2. 蛋白翻译后修饰鉴定：甲基化、乙酰化、糖基化、泛素化、类泛素化等修饰。
3. 比较蛋白质组学研究：利用iTRAQ、DIA、Label-free等方法针对IP复合物比较、分泌蛋白、膜蛋白等功能组分比较研究。
4. 比较修饰组：甲基化、磷酸化、乙酰化、糖基化-应用：表观遗传学、生物医药胶原蛋白羟基化(PRM)分析等。
5. 靶蛋白及靶化合物定量筛选：如将MRM、DIA等方法应用到生物医学、合成生物学等领域进行化合物及药物筛选，工艺优化等
6. 蛋白药物研发及质控：二硫键鉴定和定量；聚乙二醇修饰药物；蛋白药物杂质鉴定和定量；抗体药物糖型、肽谱及糖谱分析；蛋白药物和小分子药物结合位点鉴定等。

目前，中心有分工协作的稳定技术团队，其中固定技术人员8名，以及在中心从事课题合作研究的的客座人员和研究生5名。