中国科学院微生物研究所质谱与功能组学中心检测项目一览表

序号	检测项目	技术特点及应用简介	所用仪器
1	胶内酶切	1D及2D胶蛋白酶切	——
2	溶液内酶切	采用变性剂裂解、超滤膜过滤及胰蛋白酶等降解	——
3	样品除盐	去除盐对质谱干扰，提高灵敏度	——
4	寡糖及糖肽测定	测定多糖降解产物、酶法及化学法释放糖链及糖肽	AB SCIEX公司5800 MALDI-TOF质谱仪
5	蛋白分子量测定	预测蛋白翻译后修饰、蛋白降解、蛋白相互作用等。采用液质联用高分辨质谱仪（Fusion）	液质联用高分辨质谱仪（Orbitrap Fusion）
6	蛋白鉴定	重组表达蛋白确证及未知蛋白鉴定（采用AB SCIEX公司5800 MALDI-TOF质谱仪）	AB SCIEX公司5800 MALDI-TOF质谱仪
7	混合蛋白及蛋白组分析	应用：1）鉴定蛋白复合物、IP复合物及简单蛋白质组；2）单细胞蛋白质组分析（采用Fusion质谱仪）	液质联用高分辨质谱仪（Orbitrap Fusion）
8	蛋白翻译后修饰鉴定	甲基化、乙酰化、泛素化、磷酸化等（采用Fusion高分辨质谱仪）	液质联用高分辨质谱仪（Orbitrap Fusion）
9	糖型分析	对糖蛋白（如抗体）进行糖型分析（采用Fusion高分辨质谱仪）	液质联用高分辨质谱仪（Orbitrap Fusion）
10	糖谱分析	包括糖链释放、标记、质谱分析及谱图解析	液质联用高分辨质谱仪（Orbitrap Fusion）
11	糖基化位点鉴定	LC-MS/MS初步鉴定或者通过PNGase F释放糖链，然后鉴定N-链接糖蛋白的糖基化位点（Fusion质谱仪）	液质联用高分辨质谱仪（Orbitrap Fusion）
12	比较蛋白组及比较修饰组同位素标记分析()（以项目方式服务）	1)采用iTRAQ稳定同位素标方法，同时比较2～8个不同状态的蛋白质组，从而筛选和特定功能相关的差别表达蛋白，一般分成10个组份；2)采用TMT稳定同位素标记；3）SILAC标记定量蛋白质组学鉴定分析	液质联用高分辨质谱仪（Orbitrap Fusion）
13	比较蛋白组及比较修饰组分析（以项目方式服务）	IP复合物比较、分泌蛋白、膜蛋白等功能组分比较研究，适合多样本间的分析比较	液质联用高分辨质谱仪（Orbitrap Fusion）
14	靶蛋白及目标化合物定量筛选（以项目方式服务）	采用PRM方法：1）对超过200种差别表达蛋白进行确证，优于常规的Western Blot或real time PCR确证方法；2）对靶蛋白（酶制剂、蛋白药物及功能化合物）进行定量筛选。主要用于临床Biomarker筛选确证、合成生物学领域目标化合物筛选优化等；3）产品工艺优化。可用于酶制剂筛选、代谢途径优化、蛋白药物质量质量控制及标志物筛选	串联四极杆质谱仪（AB SCIEX Q-Trap 6500）
15	DIA分析（以项目方式服务）	DIA是一种非标记定量方法，灵敏度高，可同时进行鉴定和定量任务，应用包括：1）比较蛋白组分析；2）比较修饰组分析；3）合成生物学领域蛋白质、多肽及酶制剂等定量筛选；4）临床微量样品biomarker鉴定及定量筛选	液质联用高分辨质谱仪（Orbitrap Fusion）
16	目标化合物的定量筛选	可用于合成生物学领域代谢途径优化、底物筛选、产物筛选；微生物组领域代谢组分析及代谢途径的构建；生物医药领域药物质量控制和标志物筛选	串联四极杆质谱仪（AB SCIEX Q-Trap 6500）
17	核酸/核苷酸分析	基于毛细管电泳的高分辨率，可有效对核酸和核苷酸进行分离和定量	毛细管电泳仪（P/ACE MDQ plus）
18	氨基酸分析	利用毛细管电泳实现对氨基酸的分离和定量	毛细管电泳仪（P/ACE MDQ plus）
19	蛋白质分子量及等电点测定	初步鉴定	毛细管电泳仪（P/ACE MDQ plus）
20	分子间相互作用分析	主要利用毛细管电泳进行分离并结合质谱进行鉴定	毛细管电泳仪（P/ACE MDQ plus）
21	蛋白质结合及折叠动力学研究	配体结合和蛋白折叠	毛细管电泳仪（P/ACE MDQ plus）
22	药物分离、方法开发、质量控制、药代动力学	复杂基质血清血浆中的药物代谢物鉴定和定量研究	串联四极杆质谱仪（AB SCIEX Q-Trap 6500）
23	手性拆分，新药开发、手性杂质控制、手性生物转化以及中间体分析等	药品中的单一活性异构体的检测	毛细管电泳仪（P/ACE MDQ plus）
24	中药/天然产物研究、质量控制和指纹图谱	中药复方制剂中化学成分测定及天然产物中有效成分的筛选	毛细管电泳仪（P/ACE MDQ plus）

仪器及配置

目前, 质谱与功能组学中心配置了多台（套）质谱仪及配套仪器，代表性仪器如下：
1. 液质联用高分辨质谱仪（ThermoScientific™OrbitrapFusion™）

OrbitrapFusion™是Thermo公司最高端的四极杆-静电场轨道阱-线性离子阱三合一组合式质谱，集四极杆、Orbitrap和离子阱质谱仪的优点于一体，具能够对复杂生物样品进行前所未有的深度分析。生命科学家在分析丰度极低、复杂性极高，或者极难分析的样品时能以更快的速度识别更多的化合物，定量更准确，且结构分析更透彻，非常适合蛋白质组学中复杂体系的高通量蛋白检测。 相关应用：
（1）常规蛋白鉴定检测服务：蛋白质相互作用谱分析(IP、Co-IP、pull down蛋白质混合物鉴定)，高灵敏度有效鉴定低丰度蛋白。
（2）高通量定量蛋白质表达谱分析：iTRAQ/TMT标记的定量蛋白质组学分析；SILAC标记定量蛋白质组学鉴定分析；非标（Label-free）定量蛋白质组学鉴定分析。

（3）修饰蛋白质组学技术服务：
①蛋白质修饰位点的鉴定：单蛋白修饰鉴定、小分子药物与蛋白结合的修饰位点鉴定、低复杂程度样本中的蛋白修饰鉴定；
②高通量蛋白质组修饰谱分析：针对组织、细胞、体液中蛋白质翻译后修饰组的鉴定；
③定量蛋白质组修饰谱分析：iTRAQ/TMT标记定量、SILAC标记定量、非标定量 2. 高分辨基质辅助激光解析串联飞行时间质谱仪（AB SCIEX TOF/TOF™ 5800系统）

主要特点： 美国AB SCIEX公司生产的5800型MALDI-TOF质谱系统，是在4700型和4800型基础上发展起来的第三代最新型串联飞行时间质谱仪。该系统具有无可比拟的速度和灵敏度，使其成为生物标志物发现、MALDI质谱成像和蛋白质鉴定的理想平台。新型1KHz激光器和DynamicExitTM算法，提高10倍以上的数据采集速度。少有的OPtiBeamTM同轴激光器照射，比其它非同轴激光器的系统提高10倍以上的MS和MS/MS灵敏度。真正支持2D Gel和LC-MALDI两种技术路线的MALDI TOF-TOF质谱系统。
相关应用：
① 分子量的测定：寡糖及糖肽分子量测定、测定多糖降解产物、酶法及化学法释放的糖链或糖肽，适合分子量≤10KDa的测定； ② 蛋白的常规鉴定：重组表达蛋白确证及未知蛋白鉴定，5800系统非常适合浓度在微克级的蛋白鉴定，鉴定速度极快；
③ 定量标记实验中进行预估：预判标记性项目的提取情况、酶解程度，为iTRAQ标记实验的质控环节提供参考，为SILAC标记项目的成败提供参考。
3. 串联四极杆质谱仪（AB SCIEX Q-Trap 6500）。

主要特点： 抗污染能力更强、工作效率高、灵敏度高及质谱数据质量高，是目前最先进的串联四极杆质谱仪。
相关应用：
①蛋白及其降解产物的鉴定：蛋白常规鉴定、氨基酸及多肽的定性定量分析;靶蛋白及目标化合定量筛选(PRM、MRM)。
②超过200种差别表达蛋白进行确证，优于常规的Western Blot或real time PCR确证方法；
③对靶蛋白（酶制剂、蛋白药物及功能化合物）进行定量筛选。主要用于临床Biomarker筛选确证、合成生物学领域目标化合物筛选优化、代谢途径优化及酶制剂筛选等；
④ 产品工艺参数优化,提供分析鉴定依据。
4. 毛细管电泳仪（P/ACE MDQ plus）

主要特点： 最完备的检测器选择，满足不同应用；种类繁多的应用试剂盒，提供快捷方法开发策略。
相关应用：
①核酸/核苷酸分析；
②蛋白质/多肽/糖蛋白研究；
③糖类/糖蛋白分析；
④药物分离、方法开发、质量控制、药代动力学；
⑤手性拆分，新药开发、手性杂质控制、手性生物转化以及中间体分析等；
⑥中药/天然产物研究、质量控制和指纹图谱。

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